纵观东林党的发迹过程，表面看是正义战胜了邪恶。看东林党的成员，基本都是道德高尚、志向远大的君子，东林书院的对联“家事国事天下事，事事关心”，直到今天依旧深入人心。东林党长期的政治主张，包括减免商税，与民休息，开放言论，现代有不少人因此“拔高”东林党，说这是“带有资产阶级性质”的思想主张。而细细审看当时明王朝的内外形势，却不得不承认：东林党心忧天下没错，但多是空想，现实意义甚少。
东林党之所以壮志未酬，一个重要原因就是，他们中的精英人物，没有一个人有张居正那样，可以切中明朝时弊，且思虑成熟，行之有效的革新思想。即使间或有一两句“闪光”的豪言，却也不成体系，难成气候。一个先天的差距是，东林党的最初创始人，如顾宪成等人，多是罢官后回乡讲学，生活圈子极其狭窄，不像张居正们，曾真切接触到民间的世情百态。他们的所谓改革思想，自然就成了浮华泡影。另外东林党的要员们，虽然论权谋手段尚有高手，可论施政能力，除了孙承宗、叶向高等少数人外，大部分人都是菜鸟。既无脚踏实地的构想，又无行之有效的施展能力，仅靠道德说教，从来都是无法成事的。
而在道德层面上，尽管东林党的大部分人，论人品都是真君子，但治理国家不是选雷锋。在封建社会，官员的道德水平与实际工作能力，很多时候并不成正比，有时候甚至成反比，如张居正所说“十清流不如一胥吏”。张居正改革之所以成果卓著，一个重要原因就是用人用其长，比如平定西南的名将殷正茂，贪污问题一直被诟病，但无论高拱还是张居正，都始终用人不疑。相比之下，东林党人的行政方式，却是道德压倒一切，道德问题一刀切，为人处事，更拿道德帽子压人。比如赵南星做吏部尚书时，就以清廉为标尺一刀切，罢免大批不合格官员，其中不乏行政能力卓越者。山东的“廉政标兵”袁应泰也因廉洁官升蓟辽总督，然后被努尔哈赤打得丢盔卸甲，害得明朝失去沈阳、辽阳等重镇，一时间“边防大警”。起家阶段的努尔哈赤，也正是拜东林党的愚蠢节节胜利。
而从明王朝当时内忧外患的局势看，明朝面临的两大迫切问题：一是边关告急，二是财用匮乏。前一个问题，在东林党败招迭出，努尔哈赤步步逼近时，幸亏东林党内还有孙承宗这样的人才，他只身赴辽东督师，提拔了名将袁崇焕，打造出了女真人到明朝灭亡时也无法攻破的关宁防线，为明王朝稳住了边防大局，可这样的人物在东林党内凤毛麟角。后一个问题，道德高尚的东林党也有非常自私的一面：明朝税收最突出的问题，是税收的不平等，明朝中后期以后，土地兼并严重，商品经济高度发展，国家可收的农业税越来越少。要解决财政问题，就需要建立新的财政体系，扩大税源特别是商业税的收益。张居正改革时期，一面重新丈量土地，一面针对东南沿海商人依托豪门地主偷税的行为进行严查，增加了国家财政收入，但张居正去世后，他的改革措施也戛然而止。到东林党“众正盈朝”时期，由于东林党的大部分成员都有商人背景，因此极力反对国家加收商业税，根据现有的奏折和《明实录》记载，一旦国家有加收商业税的动机时，东林党官员就全体反对。比如崇祯元年清算魏忠贤后，兵部尚书申用懋请求国家整顿商业税，扩大财源，随即遭到刚刚“平反”的东林党人攻击，黯然去职。结果明王朝只能不断增收农业税，最终落得被农民起义灭亡的结局。
三
在“众正盈朝”的前后时期，东林党成员做的最大的一件错事，就是坑害了战功卓著的辽东名将熊廷弼，这件错事的当事人之一，就是生前身后被赞誉为东林党楷模，后来冒死弹劾魏忠贤，死后被崇祯追谥为“忠烈公”的杨涟。
萨尔浒之战后，明朝辽东形势一时危急。万历三大征的胜利，与万历皇帝正确的选人分不开。萨尔浒溃败后，万历皇帝知错就改，起用监察御史熊廷弼巡按辽东，节制辽东军务。闻听此人来，明朝降将李永芳慌忙对努尔哈赤奏报说：“有此人在，我等危也。”
熊廷弼，字飞白，湖广江夏人，是个脾气和能力一样彪悍的人。做御史时，最大的毛病就是喜欢骂人，到哪里都得罪人。他水平更强悍，李成梁放弃六堡时，当时满朝皆赞叹李成梁“招抚十万”的功勋，唯独他一眼看穿，惊呼“辽东从此无宁日”，事实果然印证了他的判断。正是他的这番表现，令万历慧眼识英雄，委任他镇守辽东的重任。
熊廷弼到任后不负所托，先整顿军纪，把萨尔浒之战中临阵脱逃的李如柏下狱，逼得李如柏上吊谢罪。继而单骑闯辽东，勘察抚顺军情，在努尔哈赤的地盘上，上演了一番“英雄虎胆”，此举使他对辽东军情了然于胸，继而大刀阔斧，提出了“先守后战”的思想，一面加强防务，一面大搞“人民战争”，派大量游击队进入努尔哈赤统治区搞破坏。双管齐下果然奏效，熊廷弼到来后，努尔哈赤未敢有轻举妄动，熊廷弼乘机修缮工事，招抚流民，选练精兵，整军备战。萨尔浒战败后士气低落的明军一下子“风纪大振”。此时的努尔哈赤尚无生产能力，专靠劫掠为生，熊廷弼此举，等于卡了他的喉咙。不甘坐以待毙的努尔哈赤，在熊廷弼到任后的第二年五月，即万历四十八年（公元1620年），发动了对熊廷弼的试探性进攻，结果在浦河遭到打击，损失700多人。熊廷弼的“坐困转蹙”作战思想（即依托防御工事和游击队骚扰困死努尔哈赤）开始奏效。晚清军事家曾国藩读到此事后曾感慨说：“若此人常在，我朝（清朝）何能取中原？”
脾气彪悍的熊廷弼能大展拳脚，主要得益于万历皇帝的支持，熊廷弼到任辽东后，骂熊廷弼的奏折没断过，其中骂得最狠的，就是东林党人杨涟。对此万历一律“留中不发”。七月万历去世后，攻击熊廷弼的奏折再次满天飞，失去靠山的熊廷弼黯然去职。然后就是东林党“廉政标兵”袁应泰接班，用兵沈阳、辽阳两场打败，将熊廷弼苦心打下的家底败得精光。
这只是熊廷弼悲剧的开始，沈阳沦陷后，天启元年（公元1621年）七月，熊廷弼得以复职，以辽东经略的身份再次主持辽东防务。这次他的阻力更大，辽东当地的15万军队，都集中在巡抚王化贞手中。熊廷弼能调动的部队不过5000人。到任后的熊廷弼，很快就被王化贞彻底架空，王化贞的想法和熊廷弼完全相反，他主张收买努尔哈赤左右，里应外合，主动出击，迅速歼灭努尔哈赤。不但这样想他还这样做，拉拢了努尔哈赤身边的降将李永芳，谁知道努尔哈赤将计就计，利用李永芳，策反了王化贞身边的亲信将军。次年正月十八日，在确定熊廷弼被架空后，努尔哈赤再次发动了大规模进攻，将之前满嘴跑火车的王化贞打得全军覆没，里应外合一举拿下广宁城，幸亏熊廷弼带5000士兵阻击断后，才保护着当地十几万边民以及王化贞本人撤入山海关，免遭敌人屠杀。事后明王朝不分青红皂白，将两人一起下牢狱。熊廷弼之所以眼睁睁看着王化贞胡搞，不是他没能耐，实在是王化贞后台太硬，他的坐师，就是东林党的“托塔天王”叶向高。两次交恶东林党，第一次被骂走，第二次被陪绑，东林党真是熊廷弼的霉头。
东林党没想到的是，熊廷弼也成了东林党的霉头。天启四年（公元1624年）四月，东林党在与魏忠贤“阉党”的争斗里已是下风，多名同僚遭排挤，要害部门也被魏忠贤亲信把持，刚直的杨涟决定冒死一搏，弹劾魏忠贤，结果反被天启皇帝下狱。魏忠贤决定彻底肃清东林党，此时被关押在牢狱里的熊廷弼，就是最好的由头。结果魏忠贤兴起“辽案”，和东林党对骂了一辈子的熊廷弼“被东林党”，杨涟等人全成了他的同伙。之后东林党多人被迫害致死，魏忠贤权倾朝野。被东林党坑了两次的熊廷弼，反倒成了东林党覆灭的导火索。