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元朝统一中国后，根据藏族地区的实际情况，采取了一系列影响深远的施政措施：
首次设置中央机构总制院（1288年改称宣政院），掌管全国佛教事务及西藏等地的军政事务。宣政院使（主管官员）一般由丞相兼任，副使由帝师举荐的僧人担任。
在西藏清查民户、设置驿站、征收赋税、驻扎军队、任命官员，并将元朝刑法、历法在西藏颁行。
任用藏族僧俗担当从中央到地方高级官吏。乌思藏、朵甘等地行政机构之设裁及官员的任免、升降、赏罚，皆听命于中央。
划分西藏地方行政区域。元朝中央在藏族地区设了三个不相统属的宣慰使司，均直属宣政院管理，这就是藏文史书中所说的“三区喀”。就今西藏自治区的地域而言，当时分归其中两个宣慰使司管辖——今拉萨、山南、日喀则、阿里等地归乌斯藏宣慰司管辖；今昌都一带及那曲地区东部归朵甘宣慰司管辖。元朝在乌思藏等地清查户口，确立差役，征收赋税，建立驿站，派驻军队，镇守边疆。乌思藏宣慰司设在萨斯迦（今西藏萨迦），下设13个万户府和若干个千户所，并征收赋税。
其中，元代对于行政区域的划置，成为此后西藏行政区划沿革的基础。
公元1368年，明朝取代元朝，采用收缴元朝旧敕旧印，换发明朝新敕新印的形式和平过渡，继承了对西藏地方的国家主权。
明朝没有沿用元朝的职官制度，而是建立了一套别具特色的僧官封授制度。各地有代表性的政教首领人物，明朝均赐封以不同的名号，颁给他们印章和封浩，命其管理各自的地方，其职位的承袭须经皇帝批准，皆可直通名号于天子。
在行政区划与军政机构设置上，明朝在西藏基本上承袭了元朝的划置方式。在元代乌思藏宣慰司、朵甘宣慰司故地，明朝设立乌思藏、朵甘两个卫指挥使司和俄力思军民元帅府。后来，又将乌思藏、朵甘两个卫指挥使司升格为行都指挥使司，其下设指挥使司、宣慰司、招讨司、万户府、千户所等机构。各级军政机构的官员，均封委当地的僧俗首领出任。各级官员之任免、升迁，概由明朝中央直接决定，并颁授印诰等。
公元1644年，清朝定都北京，进而统一中国。清朝循历史定例在西藏行使主权，只要前朝所封官员进送旧朝印信，即改授新朝印信，其原有地位不变。1652年，藏传佛教格鲁派五世达赖喇嘛应召到北京觐见清世祖顺治皇帝，次年受到清朝正式册封；后来，五世班禅又受到康熙皇帝的册
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