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继臣服于汉。前102年，汉军攻破大宛城（今费尔干纳），汉朝在西域各国中的威望大增。翌年，汉朝在西域的轮台、渠犁等地驻兵屯田，并置使者校尉统领之。
因匈奴内争，其主管西域的日逐王先贤掸率万余众降汉，汉使护鄯善以西使者郑吉迎之，匈奴在西域的统治力量随之瓦解。于是汉廷使护鄯善以西南道诸地的郑吉“并护（车师以西）北道，故号曰都护”。公元前60年，西汉中央政权设立西域都护府，新疆正式成为中国领土的一部分。
西汉时期，随着东西方经济文化的交流传播，极大地带动促进了西域社会经济的进一步发展。西域的农作物胡麻、蚕豆、石榴、大蒜、葡萄、苜蓿等相继传入内地，被誉作“天马”的大宛马、乌孙马、各种毛皮也通过“丝绸之路”源源不断地进入到中原地区。同时，中原地区的丝绸和丝织品也传入西域并经此西传欧洲。此外，伴随着屯田士兵而传入西域的还有先进的生产工具和农业经验，如铁铧、铁锄等铁制农具及代田法，还有掘井技术和冶铁技术等。
东汉初立，无暇经营西域。最初欲通过莎车控制西域以达到对抗匈奴的目的，但西域诸国不满莎车王贤的奴役和侵凌，西域诸国皆附匈奴。公元73年，汉明帝遣将出塞北击匈奴，又遣班超至鄯善、于阗计杀匈奴使，鄯善、于阗遣子入侍，归属于汉。公元74年，疏勒归汉。该年冬，东汉置西域都护、戊己校尉，恢复了汉对西域的统治。
公元76年，焉耆、龟兹攻没西域都护陈睦，汉章帝放弃经营西域，罢除了戊己校尉与都护。公元91年汉军在阿尔泰山大败北匈奴，该年冬季，龟兹、姑墨、温宿降附，汉重置西域都护，以班超为都护，治龟兹它乾城，又置西域长史及戊己校尉，公元94年，班超破焉耆，西域50余国悉纳质属汉。
任尚任西域都护时，为政严苛，引发诸国不满。公元106年秋，西域诸国叛汉。汉廷征还任尚，以段禧为西域都护。公元107年，汉安帝以“西域阻远，数有背叛，吏士屯田，其费无已”为由，罢西域都护，迎还伊吾卢、柳中屯田吏士。汉廷弃西域后，北匈奴复收属西域诸国。公元123年、126年，班勇先后击败匈奴伊蠡王、呼衍王。公元127年，焉耆乞降，西域诸国俱归属汉朝。
隋唐时期是中国封建社会空前繁荣、昌盛的时期。隋朝从突厥人手中夺取了西域东部，又灭吐谷浑，把行政区扩大到今若羌、且末和青海湖西、兴海县东一带。大业五年，隋炀帝巡幸河西，高昌王麴伯雅等27国首领使者
