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便流传出去也难以行骗，且这样的空印文书很难落入不法之徒手中。
而账目数字需经地方到中央的层层核对，最后由户部定夺。地方到中央路途遥远，近则三四千里，远则六七千里，一旦数目不对，往来可能耗时一年。先印后书实乃权宜之计，且前朝就有，不应以重罪论处。况且国家惩处犯人须先有明确律法并昭告天下，而后依法惩处，之后犯罪的才是故意犯罪。
可立国至今，并无针对空印的法律，大家只是循例办事，并不知有罪。如此治罪，恐会引起异议。再者，朝廷培养合格官员不易，能位至郡守者，皆是数十年之功，望朱元璋放过那些不足以判罪的臣子，留下有用之才。通情达理、清廉明察的人才并非如小草一样可割而复生，陛下不应以不足以治罪的罪名而失去足以任用的人才。
谏书写成后，郑士利在旅舍闭门哭泣数天。他哥哥的儿子问他为何愁苦，他说自己的奏书必然触怒天子引来祸患，但能救活数百人，虽死无憾。于是入京上奏。
郑士利虽然只是一介平民，但他急公好义，敢于向朱元璋直言进谏，其精神令人敬佩，因此后人在修《明史》时专门为他立传。
朱元璋看了奏折后，愈发恼怒，把案件交给丞相和御史会审，追究指使者。郑士利笑道：“只是想看看我的上书能否被采用而已。我的职责是为国家议论政事，自料必死，谁会为我出谋划策？”
更认为一介书生郑士利无法主导此事，下令彻查幕后主使。最终并未查到所谓主使，郑士利被流放，其兄长郑士元本已释放，却也受此连累被判处流放，而空印案中的其他官员也未得到赦免。
朱元璋认为空印这种做法存在严重的潜在风险，可能被奸吏利用来作弊和危害百姓，同时他也将官员未经请示就私自使用空印视为对皇权的轻视和挑战。
关于此案的处理结果，各史料记载大都一致。主印官员处死，副手以下杖责一百，充军流放。钱谷册书的审核要通过府、省、部三级，主管地方印信的主官以及经历三层审核在空印文书署名者皆被卷入，方孝孺的父亲方克勤身为正四品济宁知府，因此案被捉拿处死。郑士利的兄长郑士元身为正五品，是湖广省按察使的辅佐官，被杖责一百后流放。
空印案的涉案被杀人数以及案发时间都存在争议。有人说在空印案中有数以百计的官员被处死，也有说空印案和郭桓案或连坐罪被杀的人多达七、八万人。学者认为空印案牵连的人数应该超过千人。案发时间综合多方记载，洪武九年更为可信。
