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1539年，土耳其舰队攻击并摧毁了利马索尔（Limassol）。
由于担心日益扩张的奥斯曼帝国，威尼斯加强了法马古斯塔（Famagusta）、尼科西亚（Nicosia）和基尔尼亚（Kyrenia）的防御，但大多数其他城市却易于被攻陷。
到1563年，威尼斯的人口已降至约16.8万人。
1570年夏季，土耳其人再次发起进攻，但这次是全面入侵，而非突袭。
约6万名军队，包括骑兵和炮兵，在穆斯塔法·帕夏（Mustafa Pasha）的指挥下，于1570年7月2日无阻地登陆在利马索尔附近，并对尼科西亚发起围攻。
在城市陷落的那一天，即1570年9月9日，2万名尼科西亚居民被处死，所有教堂、公共建筑和宫殿都遭到洗劫。
屠杀的消息迅速传播，几天后，穆斯塔法毫无抵抗地攻占了基尔尼亚。
然而，法马古斯塔进行了抵抗，防御持续到1570年9月直至1571年8月。
法马古斯塔的沦陷标志着塞浦路斯进入奥斯曼时期。
两个月后，由威尼斯、西班牙和教皇舰船组成的圣联盟海军，在奥地利的唐·胡安（Don John of Austria）指挥下，在勒班托战役（battle of Lepanto）中击败了土耳其舰队。
尽管在海上战胜了土耳其人，塞浦路斯仍在接下来的三个世纪中处于奥斯曼统治之下。
到1575年，威尼斯的人口约为17.5万人。
但部分由于1575到1576年的瘟疫，到1581年，人口降至12.4万人。
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根据经济历史学家扬·德·弗里斯（Jan De Vries）的说法，到17世纪初，威尼斯在地中海的经济实力已经显着下降。
德·弗里斯将这种衰退归因于香料贸易的丧失、竞争力下降的纺织工业、复兴的天主教会在图书出版方面的竞争、三十年战争对威尼斯主要贸易伙伴的不利影响，以及棉花和丝绸进口成本的增加。
1606年，威尼斯与教皇国之间发生了冲突，因两名被指控轻微犯罪的神职人员被捕，以及一项限制教会享有和获取土地财产的法律。
教皇保罗五世（Pope Paul V）认为这些条款违反教会法，并要求废除。
当这一要求被拒绝后，他对威尼斯施加了禁令，禁
