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拿破仑要求大团长费迪南德·冯·霍姆佩施·祖·博尔海姆（Ferdinand von Hompesch zu Bolheim）允许他的舰船进入港口，补给水和物资。
大团长回复说，每次只能允许两艘外国船只进入港口。
拿破仑意识到这一程序将耗费时间，令他的军队暴露在英国海军上将霍雷肖·纳尔逊（Admiral Horatio Nelson）面前，于是立即下令对马耳他发起炮击。
法国士兵于6月11日早晨在七个登陆点登陆马耳他并发动攻击。
经过数小时的激烈战斗，西部的马耳他人被迫投降。
拿破仑与堡垒首都瓦莱塔（Valletta）展开谈判。
面对远远强于自己的法国军队和西马耳他的失守，大团长同意投降。
霍姆佩施于6月18日离开马耳他前往的里雅斯特（Trieste）。
他于1799年7月6日辞去大团长职务。
骑士们虽然分散，但骑士团依然以减弱的形式存在，并与欧洲各国政府谈判，寻求在德意志中介化过程中重新获得权力。
俄罗斯皇帝保罗一世（Paul I）为最多骑士提供了在圣彼得堡（Saint Petersburg）的庇护，这一举动催生了俄罗斯的骑士医院传统，以及骑士团在俄罗斯帝国骑士团中的认可。
在圣彼得堡的难民骑士们选举保罗沙皇为他们的大团长，这使得他成为霍姆佩施大团长的竞争对手，直到霍姆佩施退位，使保罗成为唯一的大团长。
保罗一世除了天主教大优先区外，还创建了一个“俄罗斯大优先区”，其下有不低于118个指挥部，规模庞大且向所有基督徒开放。
然而，保罗作为大团长的选举从未在天主教教规下得到确认，他实际上是骑士团的事实上的大团长，而非法理上的。
到19世纪初，骑士团因失去在欧洲的优先区而严重削弱。
骑士团收入的仅10%来自传统的欧洲来源，其余90%由俄罗斯大优先区生成，直到1810年。
这部分体现在1805年至1879年间，骑士团的治理由副官而非大团长负责，直到教皇利奥十三世（Pope Leo XIII）恢复了大团长职务。
这标志着骑士团作为人道主义和宗教组织的复兴。
1806年9月19日，瑞典政府向骑士团提供了哥特兰岛（G
