亚历山大死的这天晚上，成群的暴徒持械涌上罗马街头。只要是西班牙人的后裔——他们管西班牙后裔叫加泰隆尼亚人——无一不遭到暴打残杀，家中财物全被洗劫一空。
切萨雷躺在罗马他自己的城堡内，他比教皇年轻、强壮，虽然病情依旧危重，但还在拼命与病毒抗争。他已在床上躺了好几个星期，尽全力恢复，抵御死神的造访，然而，他的身体看起来却并未好转多少。因此，虽然他一再拒绝，在杜阿尔特的建议下，马卢扎医生还是要为他用蚂蟥施行放血术。
接下来的几天里，切萨雷虚弱得连站也站不起来，根本无法采取必要的措施保护自己的财产。在那些曾被他夺去疆域的统治者的家人集会结盟时，他几乎无法保持清醒。在他的敌人聚集兵力，重新夺回乌比诺、卡美日诺、塞尼加利亚，其他城邦的统治者也迅速回到自己的城邦、住回自己的城堡时，切萨雷根本无力战斗。甚至就在科隆那和奥尔西尼家族联合起来，发兵罗马，企图影响新任教皇的选举时，切萨雷也没法下床。
过去的许多年里，切萨雷和父亲制定过一些策略，这些策略将在亚历山大死后付诸实施，以保护波吉亚家族的人以及他们的财产、头衔、疆域。可是现在，教皇的儿子还卧病在床，根本无法实施这些计划。
切萨雷若是身体康健，只消片刻工夫，便能在罗马城内或附近集结自己最忠诚的人马。他可以看到他在罗马涅地区的各要塞防御严密、供给充足，他会加固与盟军的联盟。可是现在，他什么也做不了。切萨雷请求弟弟约弗瑞出手相助，但约弗瑞拒绝了，因为他正在沉痛的哀悼之中——不是哀悼他的父亲，而是他的爱妻。
桑夏死在了地牢里，这样，她才最终被放了出来。
切萨雷叫来杜阿尔特，企图就近集结一支军队，但红衣主教团如今已经不再听命于他，他们要求所有军队立即撤出罗马。
眼下，当务之急是选出新任教皇。他们告诉他，任何外来的军队都会造成注意力的分散，对必须参与投票的红衣主教们产生不当的影响。红衣主教团严格执行了这一规定，连科隆那家族和奥尔西尼家族也照办了。因此，所有的军队都被迫离开了罗马城。
红衣主教团的势力非常之大。因此切萨雷派出信使，向法国和西班牙求援。可是情势已经急转，这几个国家也不再愿意为了他的利益而出兵干涉。相反，他们都在等待红衣主教们的最后决定。
杜阿尔特・布兰达奥经常来看切萨雷，不断带来对手们提出的新条件。杜阿尔特说：“他们并没有我们想象的那样严苛。你可以保留你所有的个人财产，但你原来攻占的城邦和疆域都必须归还各自的旧主。”
这些被占领城邦的统治者并不慷慨，但十分谨慎。切萨雷还活着，那些曾被他夺去领地的领主还对他心存畏惧。他们甚至担心他兴许是佯装病恙，诱使他们钻入另一个圈套——就像他在塞尼加利亚设计的那一出一样。
而且，罗马涅地区各城邦的市民对切萨雷的统治十分满意。比起他们的旧主，切萨雷更加公正慷慨，还大大改善了他们的生活。如果切萨雷接受了这些旧领主的条件，市民们起来闹的可能性就很小。
切萨雷迟迟未作答复，他知道他只能接受，除非是出现奇迹。他根本看不到还有别的什么出路。
这天晚上，他强打精神坐在书桌前。他做的第一件事是写信给佛罗伦萨的卡特里娜・斯弗萨。如果他要归还这些被攻占的城堡的话，至少第一个应该是她。他写了一则通告，命令将伊莫拉和弗利立即还给卡特里娜和她的儿子奥托・莱厄里奥。但第二天早晨，他感觉身体似乎稍有好转，又决定将这封信和通告暂且搁在抽屉里。他也想看看接下来还会发生什么事情。
“教皇去世了！教皇去世了！”报信人骑马穿过费拉拉的大街小巷，大声传播着消息。卢克莱西娅睡眼惺忪地从床上起身，朝窗外看去。但是，还没等她完全清醒过来——因为这简直像一场梦——就看见米凯罗特站在她面前，浑身打着冷战。他马不停蹄地从罗马奔来，但还是落在了报信人后面。
卢克莱西娅说：“米盖尔？爸爸的消息是真的吗？他真的去世了？”
米凯罗特无法开口，他的头低垂着，悲痛万分。
卢克莱西娅想要全力尖叫，那尖叫声甚至能响彻整个费拉拉。然而，她一丝声音也没有发出来。
“是谁干的？”她问，在她自己听来，那声音也是出奇的平静。
“是疟疾，看起来是这样。”米凯罗特答道。
她问米凯罗特：“你相信这是真的吗？切兹也相信？”
“你哥哥也病倒了，他刚刚逃过死劫。”他说。
卢克莱西娅呼吸变得急促、困难。“我必须去找他。”她说，一边叫来侍女。她的父亲死了，她的哥哥需要她。“给我准备衣服、鞋子和其他黑色的衣物。”她告诉侍女。
但是米凯罗特表示反对，他像石头一般僵直地站着：“你哥哥要我不让你去罗马——远离危险。罗马街上，市民们抢掠打劫、暴乱不断。你去那儿不安全。”
“米盖尔，你不能阻止我去看他、去看我的孩子，阻止我在爸爸进坟墓之前再看他最后一眼……”说着，她的眼睛里充满了泪水和焦虑。
米凯罗特说：“你的两个孩子已被送到内皮安全的地方了。阿德瑞娜还在照顾着他们，瓦诺莎很快也会过去。等切萨雷身体一恢复，他就会在那里跟你见面。”
卢克莱西娅说：“可是父亲呢？父亲怎么办？”
米凯罗特想象不出卢克莱西娅看到她父亲发黑的尸体时会作何反应。那幅画面已在他的脑海中刻下深深的伤痕，既给他带来刻骨的悲痛又让他觉得恶心作呕，不知道这柔弱的女人看到那一幕会怎样。
米凯罗特告诉她：“你可以在费拉拉为你的父亲祈祷。因为上帝知道你在哪儿，他听得见你的祝祷。”
此时，埃尔科勒・埃斯特和阿尔方索走进房间，两人一同走近卢克莱西娅，想要安慰她。然而她感觉不到任何安慰。她告诉米凯罗特，他可以先安顿下来休息，第二天再回切萨雷那儿去。她向他保证，只要哥哥需要她，她就会立即赶到内皮。
埃尔科勒和米凯罗特离开了房间，可卢克莱西娅惊讶地发现她的丈夫还留在房里。他们结婚以来，阿尔方索没有与她有过床笫之欢，甚至没什么交流，而是把时间都花在摆弄他收藏的枪炮上，或是跟交际花们厮混。而她呢，夜夜向艺术家、诗人和音乐家们敞开家门，白天则倾听普通市民们的烦恼忧虑。此时，阿尔方索站在她跟前，脸上一副同情的神色，问道：“我陪着你，能给你些许宽慰吗，公爵夫人？或者，我在你身边让你觉得更加痛苦了？”
卢克莱西娅脑子里茫然一片，她无法做出任何决定。她坐也坐不住、走也走不动。终于，她跌倒在地，眼前一黑，一切思绪都成了烟尘。
阿尔方索连忙扶起她，将她拥在怀中。接着，他坐在床上，并没有把她放下，而是继续将她拥在怀里，轻轻地摇着她。
“跟我说些什么吧，宝贝儿，”等她再睁开双眼时，说道，“说什么都行，只要不是现在我脑子里装着的东西。”然而，她没有哭，因为她的眼泪埋在深深的心底，根本触摸不到，也淌不出来。
阿尔方索整晚都陪着她。接下来的日日夜夜里，只要她依旧肝肠寸断，他就陪伴在她的身边。
新任教皇的推选再也不能拖延了。切萨雷毅然决定要把朱利安诺・德拉・罗韦雷打败，他是波吉亚家族永远的敌人。
切萨雷的人选是乔治・昂布瓦兹，当然，昂布瓦兹也得到了其他法国红衣主教的支持。大多数意大利红衣主教根本不听切萨雷的，他们支持德拉・罗韦雷。切萨雷想要说服西班牙红衣主教也支持昂布瓦兹，但他们有自己的人选。那些依然忠诚于切萨雷的红衣主教至少都反对推选他的敌人。
佛罗伦萨人喜欢赌博，他们最喜欢的莫过于打赌谁会当选教皇了。除了市民个人之间赌博投下的赌注，佛罗伦萨的银行进出的大量赌注都是针对教皇选举的，赌注金额已经十分庞大了。
把赌注押在昂布瓦兹身上的赔率是五比一，押在德拉・罗韦雷身上的略高一些，达到三比一。看来其他人没多少获胜希望了，因为赌其他候选人胜出的，赔率是二十比一。但选举是无法预测的。有许多回，选举会议开始时人气很高的人选，选举结束后依然是一名红衣主教。
这次选举也不例外。前几轮投票已告结束，显然，乔治・昂布瓦兹和德拉・罗韦雷都不可能获得绝大多数票。
又两轮投票过后，梵蒂冈的烟囱终于徐徐冒出青烟。令人惊讶的是，红衣主教团把年事已高、身体孱弱的红衣主教弗朗西斯科・皮克罗米尼选为了教皇。切萨雷总算松了一口气，尽管他对这个结果并不满意。
皮克罗米尼加冕登基，世称教皇庇护三世。他并不总是赞同亚历山大，但他为人公正温和。切萨雷知道他会善待波吉亚家族，只要对波吉亚的保护不与圣母教廷的利益相抵触，他就会尽全力保护他们。原本以为死敌会当上教皇，波吉亚家族如临深渊，没想到奇迹发生了，危险竟然就这样被转移了。
庇护教皇当选的几个星期后，切萨雷逐渐恢复了体力。他先是可以在自己的寓所内上下走动，接着便可以在花园内散步，最后竟能骑着战马在乡间奔驰。现在，他开始谋划如何保住他在罗马涅地区征服的疆域，战胜他的敌人。
一天，切萨雷在外纵马驰骋许久后返回家中，一下马就发现杜阿尔特・布兰达奥正等着他。
杜阿尔特的脸色看起来很忧伤：“不是什么好消息，切萨雷。庇护三世死了。”
庇护当选教皇才区区二十七天。
现在，切萨雷前途暗淡。庇护一死，寻找教皇保护的可能性——甚至只是公平待遇——也成了奢望。切萨雷的敌人也看出了这一点，于是迅速行动起来。奥尔西尼说服科隆那与他们一起抵御切萨雷。
切萨雷在罗马仅有少数忠诚的人马，他退到圣天使堡，相信圣天使堡依然坚不可摧。他把瓦诺莎送到内皮的安全地带，如今，她的生命远比她在罗马的旅馆和葡萄园重要。
红衣主教朱利安诺・德拉・罗韦雷已势不可当。自上一轮秘密投票以来，他已成为人气最高的候选人，根本没有真正的对手受到人们的关注。随着选举日的临近，各银行立即在德拉・罗韦雷身上押下同额赌注。很快，赌注赔率变得更富戏剧性了，人们对他更加信心十足，赔率一度变为一比二。切萨雷明白，要想经得起这一重击，他必须接受失败，并集结他的所有兵力。
因此，切萨雷・波吉亚与朱利安诺・德拉・罗韦雷会面，两人达成了一项交易。切萨雷利用他在西班牙和法国红衣主教当中的影响力以及圣天使堡的兵力，换取他想要的妥协。
切萨雷主动在选举中支持德拉・罗韦雷，条件是他可以继续掌控罗马涅地区的城堡和城邦。他还坚持要求被任命为教廷保护人——教廷上将。
为了确保红衣主教遵守诺言，切萨雷坚持要求他发公告昭示天下。德拉・罗韦雷同意了，因为他不想让任何人阻止他成功当选为教皇。
有了切萨雷的支持，德拉・罗韦雷迅速当选了。选定速度之快，任谁都印象深刻——只一轮选举，在举行秘密会议的房间大门关上的那一瞬间，选举便一锤定音了。
红衣主教德拉・罗韦雷，像切萨雷一样崇拜尤利乌斯・恺撒，因此他自称教皇尤利乌斯二世。天主啊，他等待这一奇迹的出现花了多长时间啊；他曾经经历过多少次幻象，看见自己如何革新圣母教廷。
尤利乌斯教皇并不年轻，可他依然身体强健。现在，他坐上了他觉得本应属于自己的位置，似乎不再像从前那般阴郁易怒了。具有讽刺意味的是，他关于教皇国的计划与亚历山大和切萨雷的如出一辙。他也决定统一所有疆域，并建立中央政府对其进行管治。当然，唯一不同的是，他的计划中没有波吉亚家族的份儿。
尤利乌斯二世坐上教皇的御座后，对于该如何处治切萨雷却犹豫不决。他并不是在关心如何遵守诺言，这对他来说一点儿也不重要。他只是懂得，必须集中权力、巩固职权，并且防御敌人。
此时，他对威尼斯人的畏惧并不亚于对波吉亚家族的畏惧，他清楚切萨雷可以成为一个强大的盟友，以对抗威尼斯在罗马涅地区的扩张。尤利乌斯知道切萨雷可能对他有用，因此愿意在两人之间形成同盟关系——虽然两人过去一直互为敌人，但现在看起来却像是朋友。
同时，切萨雷也试图巩固自己的位置。他与仍在他掌握之中的城堡与城镇的上尉们保持着密切联系。他让他们放心，虽然新任教皇长久以来一直对他充满敌意，可他的地位依旧稳固。为了巩固自己的地位，切萨雷联系了他的朋友马基雅维利，向佛罗伦萨寻求援助。
十二月一个晴爽的日子，切萨雷与马基雅维利在望景城堡的花园里见面，向下望去可以俯瞰罗马的教堂和高塔。两人穿过一排排高大的雪松，坐在一张破旧的石头长椅上。罗马城犹如一张宏大的画卷铺展在他们眼前。风吹走了烟雾和尘土，土陶建筑和大理石建筑就像是被切割过一般，在清澈蓝天的映衬下显得分外明朗。
马基雅维利注意到，切萨雷说话时非常焦虑不安。他面颊发红、嘴唇紧闭，手势也十分夸张，一说起话来笑声频繁得不正常，声音高得也有些过头。马基雅维利心中奇怪，觉得他或许还在发着烧。
“你看见远处那边那一大块儿吗，尼科？”切萨雷一边挥动手臂，一边说，“那里曾经是波吉亚家族的城邦。我向你保证，将来它仍然会是。再次夺下这些城堡并不会比第一回拿下它们更难。保卫我仍然控制的要塞就更不是问题了。我的指挥官如今都十分强大，对我忠心耿耿。市民们都支持他们，而且我还在招募一支新的队伍，里面既有外国雇佣军，也有瓦迪拉蒙的步兵。
“等我在罗马涅地区的位置稳固下来，你看到的那一大块地方都将落入我手中。是的，尤利乌斯教皇曾经是我的敌人，可那已经是过去时了。他公开对我承诺，并许下神圣誓言。他向市民们发誓，向政府和教廷官员发誓会支持我。我依然是教廷保护官。我们甚至还讨论了两家联姻结亲——有可能是把我的女儿路易丝嫁给他的侄子弗朗西斯科。这是新的开端，尼科，新的开端！”
马基雅维利心中嘀咕起来。他一度崇拜过的那个务实、杰出的指挥官哪儿去了？是的，他必须承认，他曾经崇拜过这个人。马基雅维利也把自己当作切萨雷的朋友。可是在呈交公文报告的时候，他只有一个朋友，那就是佛罗伦萨。这天晚上，他拼命地策马疾驰，就为了赶到佛罗伦萨时一切还不算晚。这回，他向市政厅领主们表达的观点跟从前截然不同了。
他站起身，衣着不像平时那样光鲜，声调也不像以往那么自信了。事实上，他自己也不再是从前的样子了。在市议员秘密会晤的小房间里，他发表了悲观的言论。他并不喜欢自己要说的话，但他知道必须这样说。
“领主阁下们，为切萨雷・波吉亚提供支援可能是极度愚蠢的行为。是的，教皇陛下尤利乌斯二世当众许诺过，确认切萨雷继续拥有他攻占的疆域，并任命他为教廷保护官。但是，诸位阁下，我确信这位教皇并不认为自己必须信守诺言，就跟我觉得没必要一定从北门而非南门离开这间屋子差不多。他依旧鄙视波吉亚家族。他会背弃对切萨雷的诺言，他心底早就决定要这么做了。
“至于切萨雷本人，我在他身上发现了一个可怕的变化。这个人原本丝毫不会透露内心的打算，如今却向人大谈他根本实现不了的计划。诸位，切萨雷・波吉亚在一步步滑入坟墓。佛罗伦萨不能做他的陪葬品。”
马基雅维利的判断完全正确。尤利乌斯教皇最终确信自己高估了威尼斯和切萨雷双方的势力，于是连忙终止他与切萨雷达成的协约。他要求切萨雷立即交出所有城堡。等这一步完成后，教皇尤利乌斯二世便下令逮捕切萨雷・波吉亚，并将他发配到奥斯提亚。途中将有一位年长的红衣主教和一名持械看守陪同，确保命令得到执行。
切萨雷・波吉亚先交出两座要塞，接着写信给其他要塞的指挥官，说教皇已下令要求他将要塞归还它们的旧主。他希望指挥官们对这些信不予理会，至少暂时不予理会。
随后，他请求年长的红衣主教允许他去那不勒斯，那里目前由西班牙控制着。红衣主教认为切萨雷已经屈从了教皇的旨意，而且只要他远离罗马涅，根本不可能闹出什么事儿来，于是同意了。他陪同切萨雷来到奥斯提亚的港口，把他送上一艘开往那不勒斯的帆船。
到了那不勒斯，切萨雷还有一张牌可以打，那就是冈萨维・德・科尔多瓦。