亚历山大还在为胡安服丧，因此杜阿尔特来找切萨雷・波吉亚，向他建议道，待他完成为那不勒斯国王加冕仪式后必须前去访问佛罗伦萨。法军入侵期间，佛罗伦萨已经乱作一团。如今，为了巩固佛罗伦萨最大的立法机构——行政院和教皇之间的关系，为了恢复美第奇家族的职权，也为了估量预言师塞伏那罗拉可能造成的危害，必须派一个可信赖的人前去视察，看看传到罗马的那些谣言是否属实。
杜阿尔特告诉切萨雷：“据说，那个多米尼加修士塞伏那罗拉最近几个月变得越来越有煽动性、越来越有影响力，他企图鼓动佛罗伦萨人跟教皇对抗——除非采取严格的改革措施，否则他绝不善罢甘休。”亚历山大已经向佛罗伦萨下达禁令，禁止修士布道讲经，修道士本人必须亲自来罗马与教皇本人谈话，他甚至对佛罗伦萨的商人们进行约束，阻止他们前去听修士的演讲。但是无论做什么，似乎都无法阻挡那个狂热的预言师。
皮埃罗・美第奇的傲慢自大令佛罗伦萨市民和宫廷大臣们与他日远日疏。如今，不管是在布道坛上还是在广场上，吉罗拉摩・塞伏那罗拉反对美第奇家族的煽动性言论总能聚拢成堆的人群，人们热情地响应他关于变革的言论。富裕的平民逐渐崛起，他们对美第奇感到愤怒，认为自己有权利参与佛罗伦萨事务。他们也加入喧哗的人群，威吓要摧毁教皇的统治。
切萨雷笑了：“我的朋友，你能保证我访问佛罗伦萨的时候不会遭到杀害？他们可能会拿我开刀，杀一儆百。我听说，按照预言师和佛罗伦萨市民的说法，我几乎跟教皇陛下一样邪恶。”
杜阿尔特说：“你在那儿有敌人，可也有朋友。你甚至能找到一些盟友。著名的演说家马基雅维利就是一个。这段时间教廷萧条，需要有双敏锐的眼睛甄别哪些是真正有害于波吉亚家族的危险。”
切萨雷说：“我很感激你对波吉亚家族的关切，杜阿尔特。如果可以，我答应你，我一结束那不勒斯的行程就前去佛罗伦萨。”
杜阿尔特说：“红衣主教的这顶帽子会保护你的。就算是狂热如预言家塞伏那罗拉，也不敢贸然对你下手。你亲自去一趟佛罗伦萨，可以帮我们直接了解他到底指责教皇什么，我们好恰当地反驳他。”
切萨雷也担心一旦美第奇家族失势，佛罗伦萨选举出新的议会，教皇会因此面临更大的威胁，于是他同意去佛罗伦萨，看看如何才能扭转局势，从而有利于保证罗马的统治。
切萨雷说：“我会尽快按你说的去做。”
在佛罗伦萨，尼可罗・马基雅维利刚从罗马回来，他作为行政院的使节前去调查了胡安・波吉亚被杀一事。
马基雅维利站在市政广场大厅内，四周的墙上挂满了精美的挂毯和珍贵的绘画。已故的“伟大的洛伦佐”捐献的乔托、波提切利的画作以及许多其他艺术珍品装点着房内四周。
市政厅首长坐在一张红色天鹅绒大椅上，置身于八位市政厅议员中间，坐立不安。他年事已高，此刻正专注地听着马基雅维利汇报他的调查结果。
市政厅所有成员都对调查结果焦虑满怀，因为这关系到佛罗伦萨的未来，也关系到他们各自的未来。虽然这个年轻人能言善辩，其辩才令他们叹为观止，但同时他们丝毫也不敢分神，否则无法完全听懂他的雄辞闳辩。他们目不转睛地盯着他。
马基雅维利体型瘦长，长相显得非常年轻，让人觉得他也许不满二十五岁。他身穿一件十分引人注目的黑色长披风，一边说话一边在众人面前来回踱步。“所有罗马人都认为是切萨雷・波吉亚杀死了自己的弟弟。可是我不相信。教皇本人也许相信，但我仍然无法苟同。当然切萨雷・波吉亚有作案动机，我们大家也都清楚这兄弟俩之间的关系非常紧张。据传胡安被杀当晚，他们二人还差点儿决斗。尽管如此，我还是要表示反对。”
市政厅首领不耐烦地挥挥他枯瘦的手：“年轻人，罗马人到底怎么想，我一点儿也不关心。这是在佛罗伦萨，我们要拿自己的主意。我们是派你去调查情况的，不是让你带回你在罗马听见的街谈巷议。”
面对首领的批评，马基雅维利仍旧不慌不忙。他狡黠一笑，继续道：“我不相信切萨雷・波吉亚杀死了他的弟弟，领主阁下。还有很多人有比他强得多的作案动机。比如奥尔西尼，因为维吉尼奥的死，因为胡安领兵攻打他们的要塞而心怀仇恨。乔万尼・斯弗萨因为跟教皇的女儿卢克莱西娅闹离婚，也有作案动机。”
市政厅首领催促道：“快点儿，年轻人，否则还没等你说完，我就已经老死了。”
马基雅维利没有退缩。虽然他的话不时被打断，他依旧慷慨激昂：“还有乌比诺公爵盖多・菲尔特拉。正是因为总军上将的无能，他才被关押在奥尔西尼的地牢之内，又因为胡安・波吉亚贪财忘义，不肯支付赎金，他才被羁押在地牢内达数月之久。还有，我们不能忘记西班牙指挥官德・科尔多瓦，因为胡安，他失去了奥尔西尼战事凯旋后应得的所有金钱和荣誉。但是，也许最重要的一个人物要算米兰德拉伯爵。他十四岁的女儿被胡安勾引和利用，而且胡安事后还以此为资本在公共广场向人群夸耀自己。你应当能够理解为人父者的羞耻之心。而且，他的宫殿所在的位置，正位于胡安・波吉亚的尸体被抛于台伯河的地点对岸。”
首领开始打瞌睡了，马基雅维利抬高声音，抓住他的注意力。“然而，还有许多仇家……红衣主教阿斯卡尼奥・斯弗萨也有干这事儿的嫌疑，他的管家在一周前刚被胡安杀害。另外，我们不能忘记——还有一个人，这人的妻子被胡安勾引……”接着，他一个精心设计的手势突然停顿在空中，继而用轻得只有竖起耳朵才听得见的声音，说，“那就是他的弟弟约弗瑞……”
“够了，够了，”首领气恼地说，接着立即用他老成练达的清晰思路反驳马基雅维利，“我们只关心罗马会对佛罗伦萨产生什么威胁。胡安・波吉亚身为教廷总军上将，却被人杀了。问题是，到底是谁杀的？有人说是他的兄长切萨雷。如果是切萨雷・波吉亚干的，佛罗伦萨就可能面临危险，这样想不无道理。因为如果这是事实，他又如此野心勃勃，满腔爱国热血，终有一天会企图把佛罗伦萨也变成他的。简单来说，年轻人，我们必须知道的是这个问题的答案，那就是，切萨雷・波吉亚到底有没有杀死他弟弟？”
马基雅维利摇了摇头。随后，带着几分热烈、几分诚恳，他说：“我不相信是切萨雷，领主阁下。我现在陈述我的理由。证据显示胡安・波吉亚被捅了九刀……伤口都在背部。这不是切萨雷・波吉亚的行事风格。他是名武士，且体格强壮，对他来说，一刀下去就足以使对手毙命。而且，对于像切萨雷・波吉亚这样的人，他要赢一定是面对面地明枪明斗。在昏暗的巷子里午夜谋杀，再抛尸台伯河，这与他的本性不符。基于以上这些，我坚信他是无辜的。”
胡安死后数月，亚历山大一次又一次陷入深深的沮丧抑郁之中。每当悲痛袭来时，他就会退到自己的寝宫内，拒绝见任何人，甚至拒绝处理教廷事务。随后，一旦在祷告中得到开导，他便又抖擞精神从寝宫出现，意志坚决地推进教廷改革之使命。
亚历山大叫来他的总务长普拉迪尼，向他口授命令，通知召集所有红衣主教，委托他们向他献言献策。
亚历山大又传召杜阿尔特，告诉他改革不能仅止步于教廷。他准备改变他自己的生活，也改变罗马人的生活。他不需要任何人的首肯，因为在这件事情上，他只需要天助。
罗马的确需要变革。在商业领域，欺诈和盗窃横行，无论街道、商店还是小巷，抢劫、淫乱、同性恋、恋童癖处处猖獗。甚至是红衣主教和辖区主教们都有宠爱的娈童。娈童们穿上奢华的东方服饰，与他们在街上招摇过市。
六千八百名妓女遍布罗马的大街小巷，不仅给罗马人带来了新的健康隐患，同时也是一种道德上的威胁。梅毒肆虐，起初在那不勒斯流行，后来被法国军队传播到各处，向北传到博洛尼亚，然后又被军队携带越过阿尔卑斯山。有钱的罗马人染上“法国花柳病”后，付给橄榄油商人大量钱财让自己数小时泡在成桶的橄榄油里，缓解伤口的疼痛。同样是这些油，随后便被贴上“纯正特级初榨橄榄油”标签卖给时兴店铺。这是何等荒谬！
亚历山大认为必须改变教廷内部的一些行事惯例，而要实现变革，他需要教廷委员会的参与。圣罗马天主教会是富庶宏大的实体机构，账目庞大。光枢机主教一人一年就要发出一万多封信。管理教廷财务院的红衣主教负责支付数以千计的账单，征收用达克特、弗罗林还有其他货币支付的款项。元老院庞大的职员队伍每年都在扩大，要付给他们薪水，还有一些重要职位可以售卖或是拿来交易，这些买卖有的合法，也有的不合法。
然而，还有许多问题需要考虑。这些年来，教皇和红衣主教们之间一直争权夺势、战争不断。改革就意味着削弱教皇权势，而红衣主教团的力量将得到增强。一个世纪以来，这一直是他们之间关系紧张的根源所在。
显而易见，教皇与红衣主教两者之间最大的争议就在于教皇所任命的红衣主教的人数。如果红衣主教团处处是教皇的家人，教皇的权力就会增强。事实上，他可以通过他们掌控今后教廷的选举事宜，保证和维护教皇的家族利益，为其积聚财富。
当然，限制教皇任命的红衣主教的人数，可以使每位现任的红衣主教拥有更多个人权力，同时也就拥有更大收益——因为红衣主教团的圣俸是在所有人之间平均分配的。
亚历山大成立了教廷革新委员会，并委托他们审查教廷改革事项。委员会工作五周之后，全体委员聚集在梵蒂冈大殿，向教皇汇报审查结果，并提交改革建议。
红衣主教格里玛尼，一个矮个儿金发威尼斯人，站起来代表委员们发言。他用平稳的嗓音谨慎地说：“我们向前一届教廷委员们询问过他们的意见，考虑了当前哪些事务有必要进行革新。革新将从红衣主教开始。必须削减物质享乐。必须限制有肉类供应的宴席的次数。餐前必须读《圣经》……”
亚历山大在一边听着，没有说话，红衣主教的发言中并没有任何出格的内容。
随后发言的是红衣主教格里玛尼。他提议管制买卖圣职，禁止将教廷财产作为礼物相互馈赠，以及限制红衣主教的收入——并非个人所得或是家庭所得，而是教廷圣职所得的圣俸。因为大多数红衣主教都很富有，这并不会令他们的生计陷入困顿。
然而，接下来格里玛尼的建议却越来越出格，而这也在亚历山大的意料之中。格里玛尼轻声说：“必须限制教皇的权力。红衣主教在辖区主教的任命事宜上有许可权。没有得到红衣主教团的同意，教皇禁止将教廷公职出售或者拿来交易。现役在职的红衣主教死亡之时，不得任命新任红衣主教。”
亚历山大听在耳里，眉头紧锁。格里玛尼这时声音更低了，教皇只得将身体前倾竖起耳朵才能听清楚。“教会亲王使用的仆从不得超过八十名，马匹不超过三十匹，不得豢养小丑、杂技演员和乐师。任何人不得雇佣年轻男孩做贴身男仆。不管是何职衔，所有神职人员都不得包养小妾，否则将被剥夺全部圣俸。”
教皇面无表情地坐着，一边用手指拨弄着念珠。这些建议都毫无价值，无论是对灵魂的救赎还是对教会都没有任何益处。虽然如此，他依旧一言不发。
格里玛尼最后终于说完了，他恭敬地问：“教皇陛下，您有什么问题吗？”
过去一个月来，亚历山大的革新热情已经日益萎缩，此时，听了委员会的提案后，他原来的革新热情已经消失得无影无踪了。
教皇从御座站起身，面朝全体委员说道：“我暂时没有什么意见，格里玛尼。当然，我要感谢你们的勤勉。我会仔细研究报告，等我准备好讨论提案时，我的总务长普拉迪尼会通知你们的。”
亚历山大在胸前画了个十字，赐福全体委员，随后便迅速转身离开了大殿。
另一位威尼斯红衣主教桑乔吉奥走近格里玛尼，格里玛尼还站在演讲台旁。桑乔吉奥轻声对他说：“格里玛尼，我怀疑我们是否应该尽早安排，下次还要再来一次罗马。我猜想教皇提议的教廷革新计划已经胎死腹中了。”
亚历山大回到住处后，他叫来杜阿尔特・布兰达奥。杜阿尔特进来时，他正在小口啜饮着一杯烈性葡萄酒。他一定要请杜阿尔特坐下，要与他讨论一下下午发生的这些事情。
杜阿尔特接过教皇递给他的酒，坐了下来，洗耳恭听。
亚历山大说：“真是不可思议，要实现崇高的追求，总是必须要违背人的本性，因为人的本性从来都是与崇高相悖的。”
杜阿尔特问：“您觉得委员会提交的报告没有任何值得考虑的提案吗？”
亚历山大站起身，踱起了步子，脸上的神情分明是觉得荒谬可笑：“太离谱了，杜阿尔特。他们的提案反对一切俗世享乐。适度的享乐是一回事，难道要做个苦行者吗？如果我们感觉不到快乐，上帝又能有什么快乐可言？”
“教皇陛下，他们的提案中，哪些最令您觉得反感呢？”
亚历山大依然站着，他面朝杜阿尔特，说：“我的朋友，他们提议不得包养‘小妾’。作为教皇，我不能婚配。因此，不管是我的床上还是我身边，都不容许有我心爱的朱丽娅的位置。我绝不允许发生这种事情。还有更可怕的，我的孩子不能持有教廷职衔和财产？罗马市民们不得寻欢逐乐？胡说八道，杜阿尔特，这纯粹就是胡说八道，这让我觉得非常不安，我们的红衣主教怎么变得如此不关心我们人民的需求？”
杜阿尔特笑了：“那么，就是说您不接受委员们的提议，我可以这么认为吗？”
亚历山大此时又坐下了，表情轻松了许多：“我一定是因为悲痛过度而神志不清了，我的朋友。如果施行这样的教廷改革，只会让教皇远离他的孩子，远离他的爱人，远离他的人民。因此，得到救赎的灵魂只会变得更少。我们再等一个月。可是，到那个时候，所有关于改革的谈论都将全部终止。”
杜阿尔特若有所思地抓了抓下巴：“看来委员会的报告让您吃惊不小啊？”
亚历山大摇摇头：“是让我觉得非常惊骇，我亲爱的朋友，太可怕了。”
罗马郊外，流言像杂草一般到处蔓延。人们谣传胡安的性命被上天索去，作为对邪恶的波吉亚家族的惩罚，因为波吉亚兄弟还有教皇自己，一个家族所有男人都把卢克莱西娅给睡了。
虽然乔万尼・斯弗萨同意离婚，可是没有半点风度涵养。人们风传他婚姻被取消就是因为他性无能，对此他倒打一耙，反击说波吉亚一家有乱伦行为。他言之凿凿地说卢克莱西娅不仅跟哥哥切萨雷睡了，还跟自己的教皇父亲睡了。传闻如此不堪入耳，罗马的大街小巷沸腾了。最后谣言传到佛罗伦萨，佛罗伦萨的人们也轰动了。塞伏那罗拉的布道注入了新的狂热，他大声疾呼：“邪恶即将降临到绝对有误的教皇的追随者身上。”
然而亚历山大教皇对此似乎毫不担心，他开始考虑女儿的追求者人选。所有人选中，阿拉贡的阿尔方索，那不勒斯国王之子，看来是最合适的一个。
阿尔方索年轻英俊，高高的个子，一头金发，而且举止温和友善。他跟姐姐桑夏一样，也是非婚生子，可是他的父亲答应封他做比谢列公爵，给他加官进禄。更重要的是，阿尔方索家族与费迪南德家族的关系有利于巩固教皇与西班牙国王之间的联盟，使亚历山大在与罗马南部诸男爵与军阀的争端中占取有利的战略地位。
正当亚历山大为卢克莱西娅谋划安排之时，年轻的佩罗托依然每天在圣西斯笃修道院和梵蒂冈之间来回，送信给卢克莱西娅，告诉她离婚事宜的具体进展，以及目前正在进行的婚姻谈判。
在这段时间里，卢克莱西娅和温和的佩罗托成了好朋友。他们每天在一起讲故事、听音乐，一起在修道院的花园里散步。他鼓励她追寻自己的自由，因为如今，在她人生中，她第一次摆脱了父亲的控制，可以做真正的自己。
卢克莱西娅还很年轻，佩罗托也十分英俊迷人，两人常常手拉着手，相互吐露内心的一些小秘密。他们经常在草地上一起吃午餐，午餐之后佩罗托会花一整个下午精心将色彩鲜艳的花编进卢克莱西娅的金色长发里。她开始有了笑容，好像又有了生气，又觉得自己年轻了。
这天，佩罗托送来信通知卢克莱西娅回梵蒂冈参加婚姻取缔仪式，仪式将由教廷最高法庭——罗马圣轮法庭主持。得知这个消息，她吓得胆战心惊，惶恐不安。她颤抖着双手接过羊皮纸，哭了起来。佩罗托此时已经深深爱上了卢克莱西娅——虽然他从来没有向她提起——他揽着她，轻声安慰起来。